Нью-Йорк подвергается агрессии со стороны безжалостного захватчика Шредера. Этому бесконечно злобному созданию удается захватить фактически всю власть над огромным городом, ему подчиняются едва ли не все официальные структуры, регулирующие жизнь населения. Помощники Шредера Бибоп и Рокстеди во всем содействуют тирану, и в Нью-Йорке начинается настоящий хаос, простые люди живут в состоянии постоянного ужаса перед тираном. Однако не все могут и желают смириться с подобной ситуацией, у Шредера и его соратников появляются весьма серьезные противники, готовые бороться с угнетением и несправедливостью. Дружная компания, состоящая из четырех черепашек-ниндзя, живущих в нью-йоркской канализации и подвергшихся особому мутационному процессу, бросает агрессору вызов. Они постоянно развивают и совершенствуют свои навыки под руководством опытной крысы Сплинтера, почти не отвлекаясь от занятий. Черепахи понимают, что противостоять злобному Шредеру и его приспешникам будет весьма нелегко, ведь в арсенале врага немало достаточно мощных средств для подавления сопротивления. Но и некоторые люди торопятся на помощь бесстрашной четверке, в том числе и Эйприл, журналистка, которая намеревается сразу же размещать в новостях репортажи с места сражения, сообщая жителям Нью-Йорка правду о том, что на самом деле происходит в городе.