Всем уже давно известные, неразлучные братья черепашки-ниндзя, много раз спасавшие жителей своего родного города от зла, которое никогда не дремлет, возвращаются обратно. Теперь их ожидают совершенно новые препятствия и встреча с противниками, раннее никогда невиданными. Однако защищать свою родину в одиночку героям не придется, ведь рядом с черепашками всегда будет обворожительная подруга репортёр Эйприл о’Нил, а также их новоиспеченный друг Кейси Джонсон. Нью-Йорк подвергается опасности со стороны заклятого врага героев Шредера – главы клана Фут. Злодей начинает сотрудничать с сумасшедшим, но очень умным доктором Бакстером Стокманом. Задача последнего заключается в создании невероятных существ, готовых уничтожить черепашек-ниндзя. Черепашки-ниндзя 2 В следствии его работы возрождаются слегка глупые, но верные приспешники мафиози — мутант носорог Рокстеди и кабан Бипоп. Пополнение рядов врагов является еще не самой большой проблемой для отважных воинов, ведь глава клана Фут вместе со своими помощниками собирается начать атаку на всю планету, что может привести к полному ее уничтожению. Ниндзя предстоит справиться с таким ужасным злом и, наконец, одержать победу над всеми врагами. Вот только получиться ли у них?